非淋菌性尿道炎属于性传播疾病，预防其发病就必须切断其传播途径。其预防方法包括：配偶一方是非淋患者，另一方无论有无症状，都应到医院检查，如确诊已经感染非淋，就应配偶双方同时治疗。治疗期间必须禁止性生活。非淋可通过生殖器粘膜破损处及体液、精液传播，若仍性生活可交叉感染。直至检查结果转为阴性，好好治疗后再恢复性生活，必须戴避孕套。

　　非淋菌性尿道炎不仅可以性传播，还可以通过握手、共同使用物品等间接接触传播。故非淋患者必须隔离，使用过的物品必须消毒。不可与非淋患者亲密接触，不可亲吻、拥抱，共用物品。如果是私处的清洁卫生用品，更严禁与非淋患者共用，非淋患者应有自己单独的使用物品。

　　非淋菌性尿道炎有潜伏期，潜伏期内虽然无症状表现，但病原体依然繁殖，患者的体液及体表等都会附着有病原体，仍然能够传播给他人。所以处于潜伏期的非淋患者，仍然要坚持治疗，直至检查结果全部为阴性，之后仍需要巩固治疗一段时间。

　　如患者需要怀孕，必须好好治疗后再考虑怀孕。非淋可通过产道分娩、胎盘血液循环传播给胎儿，对胎儿的生长威胁极大。可致胎儿宫内死亡、宫内窘迫、胎膜早破、早产及死产或畸形。新生儿感染非淋后约有一半在出生后死亡。