非淋菌性尿道炎与淋病名称相似，但病原体及症状均有所不同，虽然两者同为性病，但非淋更多表现为泌尿系统症状，淋病更多侵犯生殖系统。两者区别如下：

　　病因不同：非淋菌性尿道炎主要病原体为支衣原体感染，沙眼衣原体是其主要病因。淋病则为淋病奈瑟菌引起。

　　危害范围不同：非淋菌性尿道炎主要侵犯泌尿系统，约半数患者可出现尿频尿急，排尿困难等症状。患者尿道粘膜充血、水肿，有大量分泌物，排尿刺痛，早晨排尿尿道口有结痂或白色乳状分泌物。潜伏期比淋病长，可长达三周，很少出现全身症状，且容易迁延反复，轻重不同。

　　淋病潜伏期为3天，更多表现为生殖系统症状，患者尿道口红肿，灼痛，排尿刺痛。男性炎症易转移至附睾、前列腺、精囊、睾丸，导致这些部位患病。女性易侵犯宫颈、阴道，可蔓延至直肠。孕妇感染淋病可以导致胎膜早破、早产。女性婴幼儿可合并有外阴炎，肛门湿疹。会阴部位皮肤红肿糜烂。

　　淋病与非淋菌性尿道炎相似的症状是，两者都可出现明显的泌尿系统症状，都可蔓延至其他生殖器官和泌尿器官。但就危害程度而言，非淋菌性尿道炎显然要比淋病轻，较少引起子男女生殖器官的合并症。但淋病可引起多种生殖器官合并症和不孕不育症，对孕妇和胎儿危害更大。