小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……“朕已经老了，立储一事，势在必行。来人，代朕拟旨，昭告天下。燕王是朕次子，少时聪慧，如今沉稳持重，对朕孝顺，友爱手足，是大齐皇子典范。朕今日立燕王为储君。希望燕王不负朕厚望！”