四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……很是歉意的说道：“尊敬的张医生，野蛮的日本人不经过德国方面的同意，单方面的包围了这里。但是张不要担心，日本人不敢对我们怎么样，张医生平时怎么样，以后也怎么样。只是出门的时候，那些讨厌的日本人可能会盯着你。”