《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中，故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上，在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄，一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄，在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色，不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……说着翻身上马，一拱手，带着腼腆的表情，有些羞涩的笑了笑，就要挥起马鞭——“且慢！”万入杰此刻早已经变了脸色，堆上了一脸的笑：“小兄弟，小兄弟……呵呵呵，且慢……且慢o阿，实不相瞒，我们还有一位兄弟，身受重伤……嗯，就在那边……小兄弟医术高超，还请移驾帮帮忙如何？”