故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。　　面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……赵阳和古海等人是第一次见到这么厉害的丧尸，他们行走了十几天早熟悉了危险性不大的T1、T2，忽然看到这么一只如同猴子一般上蹿下跳的怪物抱头都想跑，而楚翔和宋军却是知道，面对T3的时候根本不能逃，因为你怎么跑也快不过它的速度，所以杀死它才是解决问题的唯一办法。